Vì chảy qua nhiều vùng nên sông mang nhiều tên khác nhau:

• Từ đầu nguồn ở huyện Lộc Ninh tỉnh Bình Phước, huyện Dương Minh Châu tỉnh Tây Ninh đến gần chợ Thủ Dầu Một (Bình Dương) gọi là sông Ngã Cái.
• Đoạn từ chợ Thủ Dầu Một đến cư xá Thanh Đa (Bình Thạnh, Thành phố Hồ Chí Minh) gọi là sông Thủ Khúc.
• Đoạn từ cư xá Thanh Đa đến chỗ đổ vào sông Đồng Nai (Mỹ Lợi, Quận 2) có tên là sông Sài Gòn hay sông Bến Nghé (tên chữ là Ngưu Chử giang, trong sách Gia Định thành thông chí ghi là Tân Bình giang, vì ngày xưa chảy qua phủ Tân Bình[1]).